Probablemente fue una corrupción de los datos de InnoDB. Agregué
innodb_force_recovery = 2
a my.ini, reinicié la base de datos y pude volcar todos los datos y recuperarlos.
Tenga cuidado al usar esto, lea la documentación antes: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/forcing-innodb-recovery.html
