obtener mysql_insert_id () mientras se usa EN ACTUALIZACIÓN DE CLAVE DUPLICADA con PHP

Aquí está la respuesta, según lo sugerido por Alexandre:

cuando usa id=LAST_INSERT_ID(id), establece el valor de mysql_insert_id =el ID actualizado, por lo que su código final debería verse así:

<?
    $query = mysql_query("
        INSERT INTO table (column1, column2, column3) 
        VALUES (value1, value2, value3) 
        ON DUPLICATE KEY UPDATE
            column1 = value1, 
            column2 = value2, 
            column3 = value3, 
            id=LAST_INSERT_ID(id)
    ");
    $my_id = mysql_insert_id();

Esto devolverá el valor correcto para $my_id independientemente de la actualización o la inserción.