Así es como lo hice:
map_ids = session.query(Table1.map_id). \
filter(Table1.xxxx == 'xxx_value')
q = session.query(Table2). \
filter(Table2.map_id.in_(map_ids.subquery()))
q.delete(synchronize_session=False)
La clave aquí es que crea una subconsulta encontrando ID que deben eliminarse. Luego, usa el operador 'in_' para seleccionar los registros que se eliminarán. 'synchoronize_session=False' ejecutará la consulta sin actualizar la sesión. Esto proporciona el mejor impulso de rendimiento.