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MySQL INTO OUTFILE anula el archivo existente?

No, no hay forma de sobrescribirlo. De los docs :

Puede ser una mejor idea usar un nombre de archivo diferente cada noche, ya que tener varias copias de seguridad significa que puede recuperarse de problemas que han existido durante más de un día. Entonces podría mantener un enlace simbólico que siempre apunte al último csv completo.