En los viejos tiempos, el primero era más rápido, pero esto ya no es cierto. Personalmente, creo que INNER JOIN es mejor, porque es más legible. Muestra mejor las relaciones entre la mesa. Tienes esas relaciones en la combinación y filtras en la cláusula WHERE. Esta separación hace que la consulta sea más legible. Pero esto es una cuestión de gusto personal.
