Primero ejecuta esta consulta
SHOW VARIABLES LIKE '%char%';
Tienes character_set_server='latin1'
Si es así, vaya a su archivo de configuración, my.cnf y agregue o descomente estas líneas:
character-set-server = utf8
collation-server = utf8_unicode_ci
Reinicie el servidor. Sí, llegó tarde a la fiesta, acaba de encontrar el mismo problema.
