MySQL Multiple Left Joins

Te falta una cláusula GROUP BY:

SELECT news.id, users.username, news.title, news.date, news.body, COUNT(comments.id)
FROM news
LEFT JOIN users
ON news.user_id = users.id
LEFT JOIN comments
ON comments.news_id = news.id
GROUP BY news.id

La combinación izquierda es correcta. Si usó INNER o RIGHT JOIN, entonces no obtendría noticias que no tuvieran comentarios.