Lo que he hecho en el pasado, para evitar tener cientos de líneas hinchadas, es esto...
Primero compile todo el html en una variable, sin instancias "marcadas".
$boxes = '';
$boxes .= '<input type="checkbox" name="utility[]" id="utility[]" value="Water" />Water<br />';
$boxes .= '<input type="checkbox" name="utility[]" id="utility[]" value="Cable" />Cable<br />';
$boxes .= '<input type="checkbox" name="utility[]" id="utility[]" value="Electricity" />Electricity<br />';
Ahora recorro su matriz de campos para verificar. He proporcionado una matriz de muestra aquí también.
$already_checked = array('Water', 'Electricity');
foreach( $already_checked as $ac ) {
$find = 'value="' . $ac . '"';
$replace = $find . ' checked="checked"';
$boxes = str_replace($find, $replace, $boxes);
}
echo $boxes;