Sugeriría probar dos cosas:
Asegúrese de que su directorio de datos MySQL y todos los archivos que contiene sean propiedad del usuario mysql y del grupo mysql. Este puede no ser el caso si copió los archivos en su máquina de prueba local como usuario root:
chown -R mysql:mysql your-mysql-data-dir-here
Utilice mysqlcheck para buscar tablas dañadas y repararlas si encuentra alguna:
mysqlcheck -u root -p --auto-repair --all-databases
Si aún no puede usar las tablas después de eso, ¡pruebe mysqldump!