INSERTAR EN .. EN ACTUALIZACIÓN DE CLAVE DUPLICADA para varios elementos

Usa la función VALORES()

INSERT INTO t (t.a, t.b, t.c)
VALUES ('key1','key2','value'), ('key1','key3','value2')
ON DUPLICATE KEY UPDATE
t.c = VALUES(t.c)

consulte http://dev.mysql.com/ doc/refman/5.0/en/insertar-en-duplicado.html