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MySQL Workbench pierde la conexión cuando está inactivo

Vaya a Editar -> Preferencias -> Editor de SQL y verá:

DBMS connection keep-alive interval (in seconds): 600
DBMS connection read time out (in seconds): 600
DBMS connection time out (in seconds): 60

El intervalo de mantenimiento de la conexión DBMS indica la frecuencia con la que Workbench envía una solicitud de mantenimiento al servidor para mantener activa la conexión.

Dado que 5 minutos ==300 segundos, configure el intervalo de mantenimiento de la conexión DBMS <300 (por ejemplo, 250)

Significará "enviar una solicitud de mantenimiento cada 250 segundos". Haga clic en Aceptar.

Luego salga de MySQL Workbench y reinícielo para que los cambios surtan efecto.

Si usa el método de conexión estándar TCP/IP sobre SSH, también puede ser útil configurar ssh ServerAliveInterval.