Convirtiendo el comentario de Mark G en una respuesta.
Una vez que se haya creado la tabla __EFMigrationsHistory, debería ejecutarse el resto de la actualización.
CREATE TABLE `__EFMigrationsHistory` ( `MigrationId` nvarchar(150) NOT NULL, `ProductVersion` nvarchar(32) NOT NULL, PRIMARY KEY (`MigrationId`) );
Alternativamente, genere el script de su(s) migración(es) y aplíquelo a la base de datos manualmente usando este comando en la Consola del administrador de paquetes:
Script-Migration
Si necesita generar todos los scripts, puede usar este comando:
Script-Migration -from 0