Edite su archivo /etc/mysql/my.cnf y asegúrese de asignar suficiente memoria al grupo de búfer de InnoDB. Si este es un servidor dedicado, probablemente podría usar hasta el 80% de la memoria de su sistema.
# Provide a buffer pool for InnoDB - up to 80% of memory for a dedicated database server
innodb_buffer_pool_size=614M
Las claves principales son árboles B, por lo que las inserciones siempre tomarán tiempo O (logN) y una vez que se quede sin caché, comenzarán a intercambiarse como locos. Cuando esto suceda, probablemente querrá particionar los datos para mantener la velocidad de inserción. Consulte http://dev.mysql.com/doc/refman/ 5.1/es/particionamiento.html para más información sobre particiones.
¡Buena suerte!
