¿Por qué Entity Framework genera consultas SQL anidadas?

Es la forma más sencilla de crear la consulta de forma lógica a partir del árbol de expresiones. Por lo general, el rendimiento no será un problema. Si tiene problemas de rendimiento, puede intentar algo como esto para recuperar las entidades:

var results = db.ExecuteStoreQuery<Network>(
    "SELECT Id, ServerID, EventId, StartTime FROM Network WHERE ServerID = @ID", 
    serverId);

results = results.OrderBy(x=> x.StartTime).Take(limit);