El recuento de Mysql devuelve cero si no se encuentra ningún registro

Creo que lo siguiente lo hará por usted, aunque no lo he probado. El truco consiste en obtener los recuentos de propiedades en una tabla y luego unir esa tabla a la tabla de ciudades a la izquierda, convirtiendo NULL en 0 usando IFNULL función.

SELECT city_name, IFNULL(property_count, 0)
FROM cities
LEFT JOIN
   (SELECT id_city, count(*) as property_count
    FROM properties
    GROUP BY id_city) city_properties
   USING (id_city);