Creo que Jeff Atwood dio en el clavo en 2004 con respecto a los procesos almacenados:
¿Quién necesita procedimientos almacenados?
Después de haber usado tanto procedimientos almacenados como SQL dinámico, definitivamente prefiero este último:más fácil de administrar, mejor encapsulación, sin BL en la capa de acceso a datos, mayor flexibilidad y mucho más. Prácticamente todos los principales proyectos PHP de código abierto utilizan SQL dinámico sobre procesos almacenados (ver:Drupal, Wordpress, Magento y muchos más).
Esta conversación casi parece arcaica:consigue un buen ORM , deje de preocuparse por el acceso a sus datos y comience a crear aplicaciones increíbles.
