Usando subselecciones que puede hacer:
SELECT co.*,
(SELECT COUNT(*) FROM modules mod WHERE mod.course_id=co.id) AS moduleCount,
(SELECT COUNT(*) FROM videos vid WHERE vid.course_id=co.id) AS vidCount
FROM courses AS co
ORDER BY co.id DESC
Pero tenga cuidado ya que esta es una consulta costosa cuando los cursos tienen muchas filas.
EDITAR: Si sus tablas son bastante grandes, la siguiente consulta debería funcionar mucho mejor (a favor de ser más compleja de leer y comprender).
SELECT co.*,
COALESCE(mod.moduleCount,0) AS moduleCount,
COALESCE(vid.vidCount,0) AS vidCount
FROM courses AS co
LEFT JOIN (
SELECT COUNT(*) AS moduleCount, course_id AS courseId
FROM modules
GROUP BY course_id
) AS mod
ON mod.courseId = co.id
LEFT JOIN (
SELECT COUNT(*) AS vidCount, course_id AS courseId
FROM videos
GROUP BY course_id
) AS vid
ON vid.courseId = co.id
ORDER BY co.id DESC