Dada una salida de 'estado de innodb' como esta:
---TRANSACTION 0 0, not started, process no 1024, OS thread id 140386055603968
MySQL thread id 197, query id 771 localhost marc
show innodb status
te gustaría hacer
KILL QUERY 771
para eliminar una de las dos consultas que están bloqueadas. Eso eliminará la consulta, pero dejará la conexión abierta. si quieres cortar la conexión, entonces harías KILL 197
.