Tuve este problema con mi servidor OTRS después de intentar actualizar un paquete grande.
La solución fue:
copia por seguridad:
cp /var/lock/subsys/mysqld /root/mysqld
que borrarlo
rm /var/lock/subsys/mysqld
que cerrar todos los servicios que dependen de mysql:
service httpd stop
service otrs stop
después de eso:
service mysqld restart
service httpd restart
service otrs restart
El sistema es CentOS 6.x
