Aquí hay un buen análisis de estos dos enfoques:¿SQL se une a la izquierda frente a varias tablas en la línea FROM?
Esta explicación es general, no estoy muy seguro de lo que hace MySQL en este asunto; pero de cualquier manera, el punto es que JOIN siempre es más explícito y claro y se puede mover de un motor a otro sin cambios importantes en la lógica de la consulta.
