COUNT (*) devolviendo varias filas en lugar de solo una

El COUNT() está funcionando como se esperaba. Cuando pones un group by cláusula, el count() te da el resultado para GROUP BY . Si desea obtener el recuento de filas en una consulta que incluye group by , utilícelo como una subconsulta en su lugar.

Algo como:

SELECT COUNT(*) FROM (SELECT * FROM `table`
                      GROUP BY `column1`) AS `a`