Tuve el mismo problema y para peewee usando MySQLdb obtuve la siguiente solución al inicializar la instancia de la base de datos MySQL:
db = MySQLDatabase(db_name, user=db_username, passwd=db_password, host=db_host, port=db_port)
db.get_conn().ping(True)
donde para la función de ping hay:
en el db.get_conn().ping.__doc__ . Tenga en cuenta que db.get_conn().ping(True) tiene que ser utilizado si crea otra conexión de nuevo. Entonces, si vuelve a conectarse (a través de db.connect() por ejemplo) debe repetir el ping.
