No evita las duplicaciones y la manzana (o una referencia a la manzana) se colocará dos veces en su árbol; de lo contrario, no será un árbol sino un gráfico. Su pregunta es igualmente aplicable si construye un... Swing JTree o un árbol HTML;).
El modelo de conjunto anidado es solo una forma eficiente de empujar y atravesar una estructura de árbol en una base de datos relacional. No es una estructura de datos en sí misma. Es más popular entre los usuarios de MySQL ya que MySQL carece de funcionalidad para procesar estructuras de árbol (por ejemplo, como la que proporciona Oracle).
¡Salud!
