Todo lo que haga requerirá leer y escribir filas de 38 m, por lo que nada será muy rápido. Probablemente el método más rápido sea poner los datos en una nueva tabla:
create table newTable as
select id1, id2
from oldTable;
O, si desea asegurarse de conservar tipos e índices:
create table newTable like oldTable;
alter table newTable drop column assocId;
insert into newTable(id1, id2)
select id1, id2
from oldTable;
Sin embargo, generalmente es más rápido colocar todos los índices en una tabla antes de cargar un montón de datos y luego volver a crear los índices.