La advertencia emitida por mysqltuner.py es realmente relevante incluso si su caché no tiene riesgo de ser intercambiada. Se explica bien a continuación:http://blogs.oracle.com/dlutz/entry/mysql_query_cache_sizing
Básicamente, MySQL dedica más tiempo a preparar el caché cuanto más grande es el caché y dado que el caché es muy volátil incluso con cargas de escritura moderadas (las consultas se borran con frecuencia), ponerlo demasiado grande tendrá un efecto adverso en el rendimiento de su aplicación. Modifique el query_cache_size y query_cache_limit para su aplicación, intente encontrar un punto de quiebre donde tenga la mayoría de los resultados por inserción, un número bajo de lowmem_prunes y vigile de cerca la carga de los servidores de su base de datos mientras lo hace.
