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Definición de PRIMARY KEY en la instrucción CREATE TABLE de MySQL

La segunda sintaxis es simplemente un atajo que le permite especificar la columna y agregarle un índice en una sola cláusula.

Esto funciona bien en los casos en los que simplemente desea crear una columna y agregarle un índice.

Deberá usar la primera sintaxis si desea hacer algo más complicado, como agregar un índice basado en varias columnas en lugar de una sola columna, o si está agregando o cambiando un índice en una columna existente; es decir, no está creando la columna y el índice al mismo tiempo.