Me encontré con el mismo problema recientemente:MySQL comenzó a ahogarse (atascado en el estado 'estadísticas') en consultas con muchas tablas unidas. Encontré una buena entrada de blog explicando por qué sucede esto y cómo solucionarlo.
Básicamente, al menos en MySQL 5.5, el valor predeterminado para el parámetro de configuración optimizer_search_ depth es 62, lo que hará que el optimizador de consultas tome exponencialmente más tiempo a medida que aumenta el número de tablas en la consulta. Después de cierto punto, comenzará a tomar días o incluso más para finalizar la consulta.
Sin embargo, si establece la optimizer_search_ depth a 0 en su my.cnf , MySQL elige automáticamente la profundidad adecuada, pero la limita a 7, que aún no es demasiado compleja.
Aparentemente, este problema ha sido solucionado en MySQL 5.6 pero aún no lo he probado.
