Sí, MySQL usa su índice para ordenar la información cuando el orden es por columna ordenada.
Además, si tiene índices en todas las columnas que ha agregado a SELECCIONAR cláusula, MySQL no cargará los datos de la tabla en sí, sino del índice (que es más rápido).
La diferencia entre índices combinados y separados es que MySQL no puede usar más de uno índice por consulta, por lo tanto, si su consulta filtra por muchas columnas y desea que se indexe correctamente, deberá crear un índice combinado de todas las columnas.
Pero antes de agregar muchos índices a sus tablas, recuerde que cada índice hace que las operaciones de inserción/actualización/eliminación sean más lentas.
También recomiendo encarecidamente el MySQL de alto rendimiento libro de O'Reilly que cubrirá en profundidad todos estos temas y muchos otros consejos que necesita saber para realmente poder usar MySQL al límite.
