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GeoDjango y MySQL:los puntos no pueden ser NULL, ¿qué otro valor vacío debo usar?

No creo que tengas muchas opciones aquí. O usa un marcador de posición como (0, 0), o encapsula el punto en un objeto y hace referencia al objeto en todos los lugares donde necesita el punto. De esa forma, la referencia al objeto podría hacerse anulable, pero la combinación adicional dañaría el rendimiento y complicaría las cosas.