O cambie ambas aplicaciones para que la aplicación Java sea realmente la propietaria de la base de datos MySQL y la exponga como un servicio. Está acoplando las dos aplicaciones en el nivel de la base de datos haciendo lo que está proponiendo.
Si tiene un propietario de los datos, puede ocultar los cambios de esquema y demás detrás de la interfaz del servicio. También puede hacer posible tener un mecanismo de publicación/suscripción para alertar a las partes interesadas sobre los cambios en la base de datos. Si esas cosas son importantes para usted, reconsideraría permitir que otra aplicación acceda a MySQL directamente.
