MySQL GROUP BY múltiples columnas de diferentes tablas

Tu consulta

SELECT sum(d.data) as total
FROM data d, ta, tb
WHERE
(d.type LIKE "type_a" AND d.type_id = ta.id) 
OR 
(d.type LIKE "type_b" AND d.type_id = tb.id) 
GROUP BY a.customer_id, b.customer_id;

Digamos que solo hay un registro en d, y es type_a. Hay dos registros en ta y tb cada uno. El registro en d coincide con uno de los registros en ta en d.type_id=ta.id . Por lo tanto, esa combinación de (d x ta) permite que CUALQUIER registro de tb permanezca en el resultado final. Obtiene un producto cartesiano no deseado.

SELECT x.customer_id, SUM(data) total
FROM
(
    SELECT ta.customer_id, d.data
    FROM data d JOIN ta
       ON (d.type LIKE "type_a" AND d.type_id = ta.id) 
    UNION ALL
    SELECT tb.customer_id, d.data
    FROM data d JOIN tb
       ON (d.type LIKE "type_b" AND d.type_id = tb.id) 
) X
GROUP BY x.customer_id;