El docker-entrypoint-initdb.d la carpeta solo se ejecutará una vez mientras se crea el contenedor (instancia), por lo que en realidad tiene que hacer docker-compose down -v para volver a activar esto para la próxima ejecución.
Si desea poder agregar archivos sql en cualquier momento, puede consultar aquí una imagen acoplable MySql especializada... http ://ivo2u.nl/o4
