¿Cómo eliminar todas las tablas en la base de datos sin eliminar la base de datos en sí?

El más corto es volver a crear la base de datos. pero si no quieres...

Esto es para MySQL/PHP. No probado, pero algo así.

$mysqli = new mysqli("host", "my_user", "my_password", "database");
$mysqli->query('SET foreign_key_checks = 0');
if ($result = $mysqli->query("SHOW TABLES"))
{
    while($row = $result->fetch_array(MYSQLI_NUM))
    {
        $mysqli->query('DROP TABLE IF EXISTS '.$row[0]);
    }
}

$mysqli->query('SET foreign_key_checks = 1');
$mysqli->close();