Las estadísticas de la tabla (utilizadas por EXPLAIN) se basan en valores almacenados en caché del sistema que pueden no ser precisos.
http://dev.mysql.com/doc/refman /5.1/es/usando-explicar.html dice:
Por lo tanto, la versión 'contar ()' de la consulta será precisa, ya que realmente 'contará' las filas existentes. La versión 'explicar' no necesariamente cuenta sus filas, pero podría usar una estimación/caché. Explicar no está destinado a ser utilizado en código o producción; es solo una herramienta para ayudar a analizar sus consultas.
