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¿Es tener millones de tablas y millones de filas dentro de ellas una práctica común en el diseño de bases de datos MySQL?

1 - Definitivamente no. Casi cualquier persona a la que le preguntes te dirá que millones de mesas es una idea terrible.

2 - Millones de FILAS es común, así que está bien.

3 - Probablemente terriblemente, especialmente si las consultas están escritas por alguien que piensa que está bien tener millones de tablas . Eso me dice que es alguien que no entiende muy bien las bases de datos.

4 - Ver #3

5 - Imposible de saber. Tendrá muchos gastos generales adicionales debido a las tablas adicionales, ya que todas necesitan metadatos adicionales. El espacio necesario dependerá de los índices y del ancho de las tablas, junto con muchos otros factores.

En resumen, esta es una muy, muy, muy mala idea y no deberías hacerlo.