SELECT * FROM xml
WHERE EXTRACTVALUE(data, '<xpath-expr>') != '';
Sin embargo, debe tener en cuenta que existen limitaciones en la compatibilidad con XPath de MySQL.
EXTRACTVALUE()
devuelve solo CDATA.- No se admiten todas las construcciones XPath. Detalles bajo el encabezado "Limitaciones de XPath" en el documento página mencionado en la respuesta de abatishchev.