Podría crear un procedimiento almacenado para insertarlo en esta tabla.
DELIMITER $$
CREATE PROCEDURE insert_distance(IN p_town1 varchar(50), IN p_town2 varchar(50), IN p_distance int)
BEGIN
INSERT INTO distance(town1, town2, distance)
SELECT LEAST(p_town1, p_town2), GREATEST(p_town1, p_town2), p_distance;
END $$
DELIMITER ;
Usando solo este procedimiento para insertar, asegúrese de que se arroje un error cuando la entrada ya existe. Y no insertas las ciudades accidentalmente en el orden incorrecto.