La configuración del tamaño de caché de consultas mysql generalmente se encuentra en my.ini . Dado que es una configuración de servidor, normalmente no debería permitirse que scripts como php cambien su configuración. Si no recuerdo mal, el caché de consultas de mysql suele estar activado a menos que no hayas compilado mysql sin él.
Aquí hay información más detallada sobre cómo funciona, cómo se configura y qué variables de inicialización se deben usar.
Aquí hay información más detallada sobre cómo puede modificar el comportamiento usando variables dinámicas del sistema.
No he usado phpmyadmin durante mucho tiempo, por lo que no puedo responder cómo se puede acceder fácilmente a estos valores. Con SHOW VARIABLES LIKE '%query%'; debería ser fácil acceder a ellos de todos modos.
