Alterar una columna de incremento automático existente no parece una buena idea. ¿Realmente tiene que hacer esto? En cambio, ¿por qué no simplemente modificar su consulta de selección para devolver una identificación con el formato adecuado? Al hacerlo, mantiene la integridad referencial y también puede cambiar el formato de identificación del pedido en cualquier momento en el futuro, sin tener que actualizar su base de datos.
SELECT id, CONCAT('A2', LPAD(id, 4, '0')) AS order_id FROM <table>;
Salida de ejemplo:
+------+----------+
| id | order_id |
+------+----------+
| 1 | A20001 |
| 2 | A20002
...
| 999 | A20999 |
| 1000 | A21000 |
| 1001 | A21001 |
+------+----------+
