Publicando mi respuesta de https://stackoverflow.com/a/46609559/492336 :
Puede ejecutar esta instrucción SQL desde el interior de MySqlConnection:SHOW SESSION STATUS LIKE 'Ssl_cipher'
y le mostrará si la conexión está encriptada.
Código de ejemplo:
var connection = new MySqlConnection(ConfigurationManager.AppSettings["Test"]);
connection.Open();
var command = new MySqlCommand("SHOW SESSION STATUS LIKE \'Ssl_cipher\'", connection);
MySqlDataReader reader = command.ExecuteReader();
while (reader.Read())
{
Console.WriteLine($"{reader.GetString(0)}: {reader.GetString(1)}");
}