Este es un caso de una unión izquierda consigo mismo. La idea en esta consulta es:seleccionar todas las referencias con estado 'Lead Received' que no tengan una fila con la misma referencia y un ID superior. Supongo que solo usa la identificación para determinar cuál es el estado 'más nuevo', sin marca de tiempo, etc.
SELECT
DISTINCT h1.reference
FROM
workflow_status_history h1 LEFT JOIN workflow_status_history h2 ON
h1.reference = h2.reference AND
h1.id < h2.id
WHERE
h1.status = 'Lead Received' AND
h2.id IS NULL