eliminar * de la tabla no funciona

debería ser

$stmt = $mydb->prepare("DELETE FROM messages WHERE from_user = ?  AND id = ? ");

Y agradeceré por usar mysqli_* funciones en lugar del obsoleto mysql_*

Además, no debería haber un * para ELIMINAR; esa no es la sintaxis correcta.

Referencia:

• https://dev.mysql.com/doc/ refman/5.0/en/delete.html

El * la sintaxis se usa junto con SELECT:

• https://dev.mysql.com/doc/ refman/5.0/en/select.html