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¿Cómo puedo modificar varias tablas a la vez en mysql?

No puedes hacerlo con una sola consulta. Debe consultar information_schema vistas para obtener la lista de tablas y columnas para cambiar. Luego usará el conjunto de resultados resultante para crear ALTER consultas (ya sea en una aplicación/secuencia de comandos externa o dentro de MySQL usando cursores y declaraciones preparadas)