Mi código comenzó a tener exactamente este problema después de realizar una actualización del paquete en todo el sistema el 29/3/2017 por primera vez desde el 1/2/2017.
Mirando el control de versiones para RMySQL, RMySQL_0.10.9.tar.gz publicado el 8 de mayo de 2016 a las 15:39RMySQL_0.10.10.tar.gz publicado 21 de marzo de 2017 a las 07:50
Revertí mi versión a 0.10.9 y el problema desapareció:
require(devtools)
install_version("RMySQL", version = "0.10.9", repos = "http://cran.us.r-project.org")
Publiqué su problema en la página de errores de RMySQL, así que veremos si lo solucionan
