Anulando el nombre de la tabla en Flask-Alchemy

Deberías usar:__tablename__ :

class User(Base):
    __tablename__ = 'users'
    id = Column(Integer, primary_key=True)
    name = Column(String(50), unique=True)
    email = Column(String(120), unique=True)

http://flask.pocoo.org/docs/0.12/patterns/sqlalchemy/