¿Cómo obtener el valor de Javascript Prompt Box y pasarlo a la variable PHP para poder guardarlo en SQL?

Puede enviar valor a la entrada oculta en el formulario y enviarlo.

function MyReason(){
    var reason = prompt("Reason");
    document.getElementById("reason").value = reason;
    document.getElementById("form").submit();
}

<form id="form">
    <input type="hidden" id="reason" />
</form>