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¿Cómo guardar etiquetas (palabras clave) en la base de datos?

Probablemente diría que tampoco. Use una relación de muchos a muchos entre las etiquetas y el objeto que se está etiquetando. Por ejemplo, si lo que se etiqueta es una pregunta, las tablas podrían verse así:

Question:
    QuestionId
    Title
    Body

Tag:
    TagId
    Name

QuestionTags:
    QuestionId
    TagId