En mi caso, este error apareció específicamente con vacío valores de geometría en una columna de geometría no nula.
En mi caso, las geometrías vacías eran casos legítimos de geometría desconocida, así que abordé esto cambiando la columna para permitir valores nulos y luego ejecutando UPDATE ... SET geom = NULL WHERE IsEmpty(geom);
Después de esto, pude volver a ejecutar mysqldump e importe con éxito el sql resultante en una base de datos separada.
(Para ser honesto, no estoy seguro de cómo llegaron allí los valores de geometría vacíos; ni siquiera conozco la sintaxis para crear un valor de geometría vacío)
