El envío de correo electrónico HTML da como resultado un correo electrónico que muestra la fuente HTML (clase de correo electrónico de Codeigniter)

Intenta agregar el mailtype a la configuración:

$config = Array(
    'mailtype' => 'html',
    ...etc...
);

Consulte http://codeigniter.com/user_guide/libraries/email.html