El marco de la entidad agrega una condición adicional en la cláusula where

Compruebe https://msdn.microsoft.com/en-us/library/system.data.entity.infrastructure.dbcontextconfiguration.useddatabasenullsemantics(v=vs.113).aspx

Si el comportamiento actual le molesta, considere configurar UseDatabaseNullSemantics a true .

public class MyContext : DbContext
{
    public MyContext()
    {
        this.Configuration.UseDatabaseNullSemantics = true;
    }
}

o

myDbContext.Configuration.UseDatabaseNullSemantics = true;